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          機構用戶解決方案

          產品選擇指南

          技術服務信息

          當前位置:首頁> 產品選擇指南 > NGS相關制品 > 免疫庫分析 > SMART-Seq Human TCR (with UMIs)
          SMART-Seq Human TCR (with UMIs)
          品牌 Code No. 產品名稱 包裝量 價格(元) 說明書 數量
          Clontech 634780 SMART-Seq® Human TCR (with UMIs) 24 Rxns ¥18,607
          Clontech 634781 SMART-Seq® Human TCR (with UMIs) 96 Rxns ¥61,267
          Clontech 634779 SMART-Seq® Human TCR (with UMIs) 4 x 96 Rxns ¥229,909
          無標題文檔
          SMART-Seq Human TCR (with UMIs)
          · 適合不同起始量的樣本—支持total RNA(10 ng-1 μg外周血淋巴細胞來源,或者20 ng -200 ng 全血來源,或者1 ng-100 ng T細胞來源的total RNA),或者純化后完整的T細胞(1,000-10,000個)起始
          · 無需多對引物—每次反應僅需一對引物擴增相應的TCR亞基
          · 添加UMI校正偏差—引入UMI建庫,校正PCR偏差及測序錯誤產生的reads
          · 更靈敏特異的克隆型分析—優化的cDNA文庫構建技術,確??寺⌒偷目煽糠治?br /> · 更可靠的樣本-數據拆析結果—搭配使用UDI index建庫,在高通量型Illumina測序儀上有更好的樣本拆析與測序可靠性
          · 更靈活的測序平臺選擇—可自由選擇Miseq平臺(分析V(D)J 全長信息),或是其它Illumina平臺(分析CDR3區),支持最多384個樣本同時測序
          · 完整的流程—搭配特別開發的Cogent NGS Immune Profiler Software*完成測序數據分析
          * 科研及盈利機構在用TCRv2建庫、測序后,均可免費使用Cogent NGS Immune Profiler Software分析測序數據
           
          ■ 產品說明
          SMART-Seq Human TCR (with UMIs)是一款具有更高重復性和特異性的TCR NGS文庫構建試劑盒。該試劑盒整合SMART(Switching Mechanism at 5' end of RNA Template)全長cDNA合成技術與5’RACE技術,可捕獲TRA和TRB基因完整的V(D)J可變區,用于后續NGS分析。
          該試劑盒支持使用不同input量的RNA(RIN≥8,取決于樣本類型)或細胞起始,均可獲得高品質的測序文庫,如外周血淋巴細胞total RNA(10 ng-1 μg)、全血total RNA(20 ng -200 ng)以及T細胞total RNA(1 ng-100 ng),或純化后完整的T細胞(1,000-10,000個)。文庫中可同時包含α鏈和β鏈的多樣性信息。 同時,該試劑盒包含UMI(Unique Molecular Identifier),用以去除PCR偏差及測序錯誤所產生的reads,提供更正確和可靠的結果。
          搭配使用UDI(Unique Dual Indexs),能更正確拆析采用圖案化流動槽技術(Patterned flow cell)測序平臺(如NovaSeqTM system)的下機數據,最多可支持384個樣本同時測序。
          特別開發的Cogent NGS Immune Profiler Software (Cogent IP),能直接對Illumina測序儀的下機數據進行高品質的TCR profiling分析,包括克隆型的鑒定與計數、V(D)J區域的序列分析。
           
          ■ 建庫原理
           
          ■ 不同起始量克隆型檢測數據
          圖1 不同的RNA或者T細胞起始量,均能獲得高靈敏度和重復性的克隆型檢測數據
           
          Takara科學家以1、10、100 ng 人CD3+ T細胞total RNA和1,000、10,000個CD3+T細胞制備TRA和TRB文庫,測序reads用Cogent NGS Immune Profiler軟件分析。結果顯示,無論采用RNA還是以復雜度較高的T細胞直接起始,該試劑盒所建文庫均能獲得良好的克隆型檢測數據。
           
          ■ 靈敏度測試數據
          圖2 Takara科學家向100 ng PBMC RNA樣本中摻入不同濃度(10%,1%,0.1%,0.01%,0.001%和0.0001%)的Jurkat T細胞RNA(包含TRBV12-3-TRBJ1-2克隆型)。采用該試劑盒擴增TRB CDR3區域并制備文庫、NextSeq系統測序。測序reads downsample至 2.5M reads?;疑珮擞浀氖撬烊氲腏urkat RNA檢出下限,結果顯示,在未通過UMI數據校正時,TRBV12-3的檢測極限為0.01%,但是在UMI數據校正的情況下,檢測極限下探至0.001%!
           
          ■ 同類產品比較實驗
          圖3 為了比較不同TCR分析方法(DNA based VS RNA based)的性能差異,Takara科學家分別以SMART-Seq Human TCR (with UMIs)(RNA based, 5’RACE)、Company Q(RNA based,接頭連接法)、Company A (DNA based, 多重PCR)作為文庫構建方案。接著分離了500萬個PBMC細胞作為gDNA和RNA的提取材料,并以1.6 μg gDNA和100 ng RNA制備文庫,分析TCR a/b文庫的克隆型數量。從結果中可以看出,SMART-Seq Human TCR (with UMIs)文庫獲得TRA和TRB基因平均4.87萬和16.3萬個克隆型檢測數據,遠高于Company Q RNA方法及Company A DNA方法所獲得克隆型數量!(*NT:Not Tested)
           
          數據來源于Takara Bio USA, Inc.
           
          關聯產品:Unique Dual Index Kit
           
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                  頁面更新:2023-03-17 09:03:26