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          機構用戶解決方案

          產品選擇指南

          技術服務信息

          當前位置:首頁> 產品選擇指南 > NGS相關制品 > 單細胞 RNA-Seq > SMART-Seq mRNA Single Cell LP & SMART-Seq mRNA Single Cell
          SMART-Seq mRNA Single Cell LP & SMART-Seq mRNA Single Cell
          品牌 Code No. 產品名稱 包裝量 價格(元) 說明書 數量
          Clontech 634786 SMART-Seq mRNA Single Cell LP 24 Rxns ¥17,917
          Clontech 634787 SMART-Seq mRNA Single Cell LP 96 Rxns ¥60,919
          Clontech 634788 SMART-Seq mRNA Single Cell LP 4×96 Rxns ¥219,310
          Clontech 634789 SMART-Seq mRNA Single Cell 24 Rxns ¥15,184
          Clontech 634790 SMART-Seq mRNA Single Cell 96 Rxns ¥51,626
          Clontech 634785 SMART-Seq mRNA Single Cell 4×96 Rxns ¥185,856
          無標題文檔
          SMART-Seq mRNA Single Cell LP & SMART-Seq mRNA Single Cell
          ◆ 操作簡便,基于Plate的工作流程 - 可直接以FACS或其他方法分選的單細胞起始
          ◆ 單管操作流程 - SMART-Seq mRNA Single Cell LP包含完整的cDNA合成和文庫構建流程,分別在單管中進行,減少樣品損失與混淆,降低手動操作誤差
          ◆ 靈敏度高且一致性好 - 非常適用于單細胞(尤其是RNA含量非常低的細胞和細胞核)RNA-Seq的研究,可檢測更多基因
          ◆ 可靠的全長cDNA分析 - 性能優于許多現有的單細胞全長cDNA合成方法,例如Smart-seq2
          ◆ 測序性能 - SMART-Seq mRNA Single Cell LP搭配Unique Dual Index kits(單獨購買),即便多個文庫pool后用高通量型Illumina測序儀(如Novaseq)分析,也能得到正確結果
          ◆ 更高的文庫產量 - 更便于使用高通量型Illumina測序儀分析(如Novaseq),或保存剩余的文庫用于多次測序
          ◆ 高度靈活的工作流程 - 可與自動化設備兼容
              ◇ SPT Labtech mosquito HV user guide
              ◇ Formulatrix MANTIS Microfluidic Liquid Handler user guides
                  · Full-volume
                  · Quarter-volume

           

          ■ 產品說明:
          SMART-Seq mRNA Single Cell Kit (SSmRNA Single Cell) 和SMART-Seq mRNA Single Cell LP Kit (SSmRNA Single Cell LP) 是兩款具有高靈敏度和高可再現性、適用于單細胞和單個細胞核的RNA-Seq分析試劑盒。試劑盒采用oligo(dT)引物,可從一些RNA含量非常低的單細胞(如PBMC、T細胞、B細胞)直接起始,合成高品質的全長cDNA。使用SSmRNA Single Cell LP kit搭配 Unique Dual Index kits (單獨購買),最多可以制備384 Illumina測序文庫。SSmRNA Single Cell LP kit提供完整的單細胞RNA-Seq分析流程,包含從樣本制備cDNA、文庫構建以及搭配使用的生物信息學分析軟件進行數據分析的流程。
          SSmRNA Single Cell是基于SMART技術(Switching Mechanism at 5′ End of RNA Template),提供全長轉錄本信息,支持分析轉錄本異構體、融合基因、點突變等,具有更高的再現性和均一的gene body覆蓋度,而且高GC含量轉錄本也能得到正確的分析。同時,Takara科學家對這一技術進行優化改良,使得這個試劑盒更適合單細胞分析,能得到更多有效reads、更高的基因檢測數,對珍貴樣本的分析更加深入!
          SSmRNA Single Cell LP在包含核心的cDNA合成試劑基礎上,同時整合了Takara Bio Group專利性的文庫構建技術(U.S. Patents 7,803,550, 8,399,199, 8,728,737, 9,598,727, 10,196,686, 10,208,337, and 11,072,823)及單次使用的雙端特殊index(UDI),提供完整的單細胞cDNA合成到文庫構建的實驗體驗。建庫試劑中包含片段化酶,以實現對合成cDNA的片段化,利用特別的莖環形接頭構建高品質Illumina文庫。在建庫階段,單管兩步操作、過程中無需純化、2 h即可建成文庫!
          如果是以高品質的少量細胞(<1,000)或者微量Total RNA起始時,推薦使用SMART-Seq mRNA LP KitSMART-Seq mRNA LP (with UMIs) Kit。
          如果是以隨機引物起始,對少量細胞或者降解的Total RNA樣本進行RNA-Seq分析時,推薦使用SMART-Seq Stranded Kit。
           
          ■ 實驗流程概要:
          圖1. SMART-Seq mRNA Single Cell & SMART-Seq mRNA Single Cell LP的cDNA合成流程
           
          圖2. SMART-Seq mRNA Single Cell LP的文庫制備工作流程
           
          ■ 數據展示:
          注:以下展示來源于SMART-Seq Single Cell Kit (SSsc) 和 SMART-Seq Single Cell PLUS (SSsc PLUS)的數據。因為兩者分別是SMART-Seq mRNA Single Cell 和SMART-Seq mRNA Single Cell LP等效替換品。
           
          靈敏度更高的單細胞全長轉錄組分析
          圖3. 與Smart-seq2法的比較
           
          Takara科學家以淋巴母細胞系GM12878單細胞為樣本制備文庫,分別采用SMART-Seq Single Cell Kit(SSsc,18個重復)和Smart-seq2法(Smart-seq2,20個重復)合成cDNA(均進行19個PCR循環擴增),所有樣本都均一化至1.75M paired-end reads,然后制備RNA-Seq文庫并進行測序分析。
          Panel A 根據cDNA的制備方法不同,結果也不同。相比而言,Smart-seq2結果中比對到線粒體基因組的比率較高,而檢測到基因鑒別的reads數相對較少。
          Panel B SMART-Seq Single Cell Kit能檢測到比Smart-seq2更多的基因。
           
          SMART-Seq mRNA Single Cell LP提供完整的單細胞RNA-Seq建庫體驗!
          圖4. 與其他同類產品比較數據
           
          Panel A. 以10 pg小鼠腦total RNA起始,采用SMART-Seq Single Cell Kit完成cDNA合成。隨后分別采用SSsc Plus Kit中的SMART-Seq Library Prep Kit模塊與市面上較常用的A公司試劑盒構建文庫,并比較性能差異。
          Panel B. 從測試數據中可以看出,SSsc PLUS Kit所建文庫的產量是A公司Kit產量的5倍,而更高的文庫產量更適于高通量型Illumina測序儀,如Novaseq。
          Panel C. 兩種方法所建文庫隨后用Nextseq 500完成測序,并對TPM(Transcripts per million)≥0.1的基因數進行統計。相較于A公司文庫,SSsc PLUS文庫能檢出更多的基因,從同樣的cDNA起始能“捕獲”更全的信息!
           
           
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                  頁面更新:2023-03-24 14:23:17